Les ciliés ou ciliophora sont parmi les protozoaires les plus évolués et complexes du règne des protozoaires. Ils se caractérisent par des cils généralement distribués en rangées longitudinales ou obliques nommées cinéties. Les cils sont implantés sous la membrane cellulaire dans un cortex alvéolaire. Vers l’avant, existe une bouche (cytostome), généralement déportée sur la face ventrale. La bouche est superficielle ou située dans une dépression conique (cytopharynx), au fond de laquelle les proies sont enrobées dans des vacuoles alimentaires. Après digestion, les résidus sont éliminés par une zone définie, sorte « d’anus » cellulaire, (cytoprocte). Le cytostome est bordé de cinéties associées à des structures ciliaires complexes, l'ensemble formant l'appareil oral.
Les cils sont les organelles de la locomotion et de la collecte de nourriture. Les cinéties corporelles sont responsables de la nage ; les cils de l’appareil oral créent dans le milieu des courants qui dirigent les particules alimentaires vers la bouche.

Considérés individuellement, les cils sont animés de battements répétitifs se déroulant en deux phases, l’une active qui exerce une poussée sur l’eau, l’autre de retour à la position initiale. Le long d’une cinétie, les battements de chaque cil sont légèrement décalés dans le temps et dans l’espace par rapport à ceux des cils voisins, de sorte que la nage se réalise selon une progression « lisse », sans à coups. Quand le cilié rencontre un obstacle, le sens des battements ciliaires s'inverse, ce qui permet un mouvement de recul, suivi d'une réorientation. Le sens des battements est étroitement contrôlé par des transferts très rapides d'ions calcium à travers la membrane cellulaire.
La régulation des échanges d’eau et de sels minéraux dissous dans le cytoplasme est assurée par au moins une vacuole pulsatile qui s’ouvre à la surface de la cellule par un pore.
A la différence des cellules des autres organismes, les ciliés possèdent deux types de noyaux , le micronoyau et le macronoyau. Le nombre des noyaux des deux types varie selon les espèces. Le micronoyau a pour fonction de dupliquer l’ADN (réplication), tandis que le macronoyau assure la transcription du génome (fabrication de la copie d'ADN en ARN) et régule la vie végétative. Seul le micronoyau intervient dans une forme de reproduction sexuelle propre aux ciliés, la conjugaison. Au cours de ce processus, deux ciliés partenaires s’accouplent, échangent un micronoyau, puis se séparent. Ainsi est assuré le brassage des caractères génétiques. La multiplication asexuée par division longitudinale ou transversale du corps permet la prolifération des individus. Le nombre de cinéties corporelles et orales, leur répartition et l’abondance de cils dans chaque rangée sont des caractères spécifiques utilisés dans la classification et la nomenclature des ciliés.
L'embranchement des ciliés inclut des organismes d'eau douce comme Paramecium, cilié-type, facile à cultiver au laboratoire, Stentor, caractérisé par sa forme en trompette, Vorticella et son homologue marin colonial Zoothamnium pelagicum tous deux caractérisés par leur pédoncule hautement contractile, et les tintinnides semblables à de minuscules urnes.

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